Cerita Death Note berawal ketika Light Yagami (Raito Yagami) menemukan sebuah buku yang ternyata milik Shinigami (Dewa Kematian) bernama Ryuk (Ryuku). Di dalam Death Note milik Ryuk, terdapat cara menggunakan Death Note yang ditulis olehnya sendiri. Death Note ini kemudian digunakan untuk mewujudkan idealismenya yaitu untuk menciptakan dunia baru yang bersih dari kejahatan, dengan dirinya sebagai Dewa.
Kemudian Death Note ini dia gunakan untuk membunuh para kriminal. Mendapatkan data para kriminal dari televisi maupun mencuri data kepolisian pusat (ayahnya, Shoichiro Yagami adalah seorang polisi). Ternyata tindakannya ini mengundang berbagai reaksi, baik dari masyarakat, para petinggi Jepang, bahkan dari para petinggi internasional. Kebanyakan masyarakat setuju dengan tindakan pembersihan dunia itu, namun para petinggi tidak menyetujuinya karena tindakan tersebut bertentangan dengan Hak Asasi Manusia.
Tidak hanya itu hambatan yang ditemui Raito (yang dijuluki KIRA, sebutan untuk Killer dalam dialek Jepang) untuk mewujudkan dunia yang bersih, dia juga harus berhadapan dengan L yang selanjutnya dikenal dengan nama Ryuzaki (nama asli L adalah L Lawliet). L adalah seorang detektif profesional muda bertaraf internasional yang hanya bergerak di belakang layar. Setelah bertemu L, jalan cerita "Death Note" menjadi semakin menarik (ditambah dengan munculnya Kira Kedua dan sebagainya, dalam versi anime dan manganya).
Death Note The Last Name menceritakan tentang Kira Kedua yaitu seorang artis yang baru naik daun bernama Misa Amane, diceritakan juga asal usul mengapa Misa memiliki buku Death Note yang kedua. Misa memiliki buku death Note yang kedua karena dewa kematian yang selalu menjaga Misa (bernama Jealous) mati untuk menyelamatkan Misa yang akan dibunuh oleh seorang penjahat. Jelaous memperpanjang umur Misa, namun dengan begitu maka Jealous hancur menjadi pasir. Jealous kemudian meminta sahabatnya yang juga dewa kematian bernama Rem, Rem kemudian menjaga Misa dan mengajarkan bagaimana cara menggunakan Death Note. Misa yang telah kehilangan seluruh keluarganya karena dibunuh oleh seorang perampok. Misa yang melihat wajah pembunuh itu kemudian melaporkan pembunuh itu, namun karena kesaksian Misa tidak cukup kuat, maka pencuri itu kemudian dibebaskan. Misa yang sedih berlarut-larut dalam kesedihannya kemudian melihat berita bahwa pencuri itu telah mati karena serangan jantung. Misa Amane kemudian sangat memuji KIRA.
Light Yagami kemudian dicurigai oleh L sebagai Kira. Saat sedang diinterogasi dalam Markas Besar L, ternyata Kira Kedua beraksi dengan 'mata'-nya. Kira Kedua membunuh semua yang menentang KIRA. Kira Kedua memberikan sebuah rekaman suara yang menginginkan agar semua orang menyetujui kira yang dikirimkan ke Sakura TV. Kemudian datanglah Ayah Light (Shoichiro Yagami) ke stasiun TV itu. Di Stasiun TV sakura, Shoichiro kemudian memaksa Produser Sakura TV untuk menghentikan acara itu, karena ditodong pistol, produser itupun kemudian terpaksa menghentikan acara tersebut.
Khawatir akan Kira I dan Kira Kedua bertemu, L memerintahkan untuk membuat rekaman suara yang isinya adalah untuk agar Kira Kedua menyerahkan diri sebelum bertemu dengan Kira I. Tanpa disangka-sangka, ternyata Kira Kedua, Misa Amane telah jatuh cinta kepada Light (Kira I). Misa kemudian mendatangi rumah Light dan menyerahkan Death Notenya. Misa meminta agar Light menjadi kekasihnya.
L menemui Light di kampusnya sambil menanyakan kedatangan Misa kerumahnya kemarin malam. Ryuzaki yang memakai topeng kemudian bertemu dengan Misa Amane. Misa kemudian membaca nama asli Ryuzaki. Misa kemudian dirubungi oleh para Fansnya di kampus Light dan menyatakan bahwa Light adalah kekasih Misa. Dikerumunan itu, Ryuzaki mengambil Handphone Misa. Ketika Misa dan ryuzaki pergi, Light menelepon Misa yang kemudian diangkat oleh Ryuzaki. Dilain sisi, Misa sudah diamankan oleh polisi anak buah Ryuzaki.
Misa dipaksa untuk mengatakan apakah dia adalah kira dan siapakah kira I, namun karena cintanya kepada Light Yagami, dia tetap diam. Misa kemudian meminta Rem menghapus memori tentang death note dari pada dia harus mengatakan Light adalah Kira I. Rem kemudian mendatangi Light dan mengancam akan membunuh Light jika sesuatu terjadi kepada Misa. Light kemudian menyembunyikan Death Note yang dimilikinya dan menyuruh Rem untuk mencari pemilik Death Note baru, Rem yang ingin Misa selamat kemudian menyetujui Light dan pergi mencari orang untuk menjadi Kira III.
